在微流控芯片研制過程中，首先要考慮芯片材料的選取。芯片材料的選取原則大體有下述幾點：

一、芯片材料與芯片實驗室的工作介質之間要有良好的化學和生物相容性，不發生反應；

二、芯片材料應有很好的電絕緣性和散熱性；

三、芯片材料應具有良好的光學性能，對檢測信號干擾小或無干擾；

四、芯片材料表面要具有良好的可修飾性，可產生電滲流或固載生物大分子；

五、芯片的制作工藝簡單，材料及制作成本低廉。

硅、石英和玻璃硅分為單晶硅和無定型娃，是最先嘗試使用的芯片基材。具有良好的化學惰性和熱穩定性，單晶硅生產工藝和微細加工技術己趨成熟，使用光刻和燭刻方法可以高精度地復制出二維圖形或者復雜的三維結構，在半導體和集成電路上得到廣泛應用。

但是由于硅材料的不透明性、電絕緣性較差、抗腐蝕性能難以滿足化學分析的需要，加之易碎、價格偏高、表面化學行為也較復雜的缺點在微流控芯片中的應用受到限制。盡管如此，由于硅材料具有良好的光潔度和成熟的加工工藝，作為微加工中的微模材料和某些功能單元加工中仍常有應用，如可用于加工微系、微閥等流體驅動和控制元件，此外，在用模塑法、熱壓法制作高分子聚合物芯片時常用它作相應的模具。

石英和玻璃有良好的電滲和優良的光學特性，彌補了單晶硅在光學和電學特性方面的不足，而且他們的表面吸附和表面反應能力都有利于對表面改性，尤其是玻璃作為化學分析的反應和測量容器的傳統材料，具有易得、廉價等優點，很快成為微流控系統主流基材之一。玻璃具有的電滲性質、光透明性為微流控系統的故障診斷和光學檢測提供了便利條件，尤其是石英，適合于用紫外分光光度法檢測的微流控芯片制作。

有機高分子聚合物高分子聚合物種類多，加工成型方便，原材料價格較低，具有良好的透明性和介電—性，成為玻璃材料之后另一類主要芯片材料。用于微流控芯片制作的高分子聚合物主要有三類：熱塑性聚合物、固化型聚合物和溶劑揮發型聚合物。熱塑型聚合物，即室溫下為固體的塑料，有聚甲基丙燏酸甲酯和水凝膠等。溶劑揮發型聚合物有兩稀酸、橡膠和氟塑料等制作時將他們溶于適當的溶劑，再通過緩慢揮發溶劑而得到芯片。

固化型聚合物有聚二甲基娃氧焼、環氧樹脂和聚氨酯等，它們與固化劑混合后，經過一段時間的固化變硬即得到芯片。彈性體材料，又稱硅橡膠，是眾多聚合物中用得較多的一種，也是當前應用最多的微流控芯片材料之一。由于具有獨特的彈性，良好的透光性，介電性，化學惰性，無毒，耐用，容易加工又廉價而迅速普及。容易由單體和交聯劑的預聚物熱交聯而得，反應溫和，在下就能實現。能透過以上的紫外與可見光；能可逆和重復變形而不發生永久性破壞；能用模塑法高保真地復制微流控芯片；能在芯片微通道表面進行多種改性修飾；它不僅能與自身可逆結合，還能與玻璃、硅、二氧化硅和氧化型多聚物可逆結合。

由于微流控芯片中的生物、化學反應常常是在液相下進行的，與各種溶劑的相容性在應用研究中顯得非常重要。等寸的耐溶劑特性進行了系統研究，漢等“對聚合物基材的特點進行了很好的綜述，并提出選擇聚合物材料的主要考慮因素：(1)良好的光學性質；⑵易于加工；⑶對待分析物惰性；⑷良好的電和熱特性；有多種表面修飾和改性方法。光敏聚合物光刻膠）光刻膠是感光樹脂、增感劑和溶劑三種主要成分組成的對光敏感的混合液體。根據用途不同，有不同濃度、不同物理化學和光學性質的品種供選擇。

光刻膠有兩種基本類型，一種在曝光時發生交聯反應形成曝光前更難溶的聚合物，即負膠，如光刻膠；另一種在光時聚合物發生鏈斷裂分解而變得更容易溶解，即正膠，如光刻膠。最有代表性的光敏聚合物材料是光刻膠。PDMS是一種環氧型聚合物材料，最早由公司開發并申請專利。它本身既可作光膠，同時也可作為微結構材料。PDMS的光學透明性、硬質、光敏的獨特性質，在微加工材料中獨樹一峽。主要特點如下：有很好的烘前自平能力；高機械強度；高化學惰性；可進行高深寬比、厚膜和多層結構加工。由于該光膠在近紫外區光透過率高，因而在厚膠上仍有很好的曝光均勾性，即使膜厚達，獲得的圖形邊緣仍近乎垂直，深寬比可達。